ThinLinc inkluderar ett verktyg för att hantera användares skrivbord, Thinlinc Desktop Customizer (TLDC).

Menystruktur och -innehåll samt vilka ikoner som ska finnas på användares skrivbord kan konfigureras baserat per användare baserat på gruppmedlemskap, användarnamn, ThinLinc-profil eller andra kriterier - i ThinLinc 1.6.0 beteendet att kunna konfigureras med ett arbiträrt script vilket öppnar upp för exempelvis olika skrivbordskonfiguration baserat på organizational unit (OU).

TLDC fungerar med de stora skrivbordsmiljöerna, både Gnome och KDE.

Desktop Customizer kan användas tillsammans med verktyget Kiosktool i KDE vilket låter administratören få full kontroll över vilka features användaren får använda och konfigurera. Skrivbord kan låsas ned till ett minimum och bara ge tillgång till de applikationer som användaren ska ha tillgång till.

Mer information om ThinLinc Desktop Customizer finns i ThinLinc Administrator's Guide.